На школьной экскурсии в научную лабораторию старшеклассника Питера Паркера кусает генетически изменённый паук. Через несколько дней тихий и незаметный подросток обнаруживает у себя нечеловеческую силу, обострённую реакцию и способность удерживаться на отвесных стенах. Он учится выпускать паутину и передвигаться по городу, перелетая между зданиями. Питер живёт у дяди и тёти в Квинсе, тайно влюблён в соседку Мэри Джейн Уотсон и дружит с Гарри Озборном, сыном богатого промышленника Нормана Озборна. Сначала новые умения кажутся ему способом заработать и произвести впечатление, но события в родном районе заставляют его иначе взглянуть на свои возможности. Питер шьёт костюм, берёт имя Человек-паук и выходит на улицы Нью-Йорка, чтобы помогать людям и мешать преступникам.
Параллельно Норман Озборн испытывает на себе экспериментальный состав, разработанный его же компанией. Препарат даёт силу, но разрушает рассудок, и бизнесмен превращается в Зелёного гоблина, который действует жестоко и расчётливо. Он устраивает нападения в городе и быстро выделяет Человека-паука как единственного противника, способного ему помешать. Гоблин пытается сначала договориться с героем, а затем бьёт по тому, что Питеру дороже всего. Под угрозой оказываются Мэри Джейн и близкие Паркера, а дружба с Гарри осложняется тем, что тот видит в Человеке-пауке врага своей семьи. Питеру приходится скрывать лицо под маской от людей, которым он хочет быть ближе всего, и решать, чем он готов пожертвовать ради их безопасности.